МИД указывает, что наряду с нестабильной ситуацией в отношении безопасности, в недавно ставшем независимым государством Южном Судане также высока вероятность опасности терроризма, а поэтому иностранцам не гарантируется безопасность. Если несмотря на предупреждение у кого-либо из жителей Эстонии есть желание или необходимость ехать в Южный Судан, МИД рекомендует оформить страховку, покрывающую обширные риски, и зарегистрироваться на сайте МИДа Эстонии. В июле нынешнего года правительство Эстонии приняло решение признать независимость Южного Судана и установить дипотношения с этим государством. Договором о перемирии 2005 года было предусмотрено проведение референдума о независимости Южного Судана. Референдум состоялся в январе нынешнего года, и по его результатам была объявлена независимость Южного Судана. Правительство Судана также признало Южный Судан как независимое государство.